L’altare maggiore del Santuario è veramente un’opera d’arte monumentale e si innalza lungo la parte nord del sacro edificio, su un fronte di circa 8 metri. Fu disegnato dall’arch. G. Porta da Genova, e messo in opera da due capomastri pietresi, come risulta da una epigrafe in latino, posto dietro lo stesso altare. I cugini Gherubino Basadone e Giambattista Bosio di Pietra costruirono quest’opera marmorea e l’adornarono di colonne. Anno del Signore 1666.
La costruzione dell’altare ebbe inizio nel 1665, la maggior parte del marmo occorrente, comprese le due grosse colonne corinzie in marmo nero, venne trasportato, via mare, da Genova.
Il giorno 8 Giugno, fra il giubilo di grande folla, vennero innalzate le due colonne. Per la circostanza, un padre francescano del vicino convento compose una antifona in onore della Madonna. Ne riportiamo, a titolo di curiosità storica, alcuni distici.
“Soccursus columna, ave – Ave, columna salutis – Da solem, columna lucis – Ignea columna, salve – Imbrem columna, nobis – Siti solamen nostrae gentis”.
La parte centrale che racchiude il quadro, in mezzo al quale si trova l’affresco della Madonna del Soccorso, è delimitata da due grosse colonne corinzie in marmo nero, che sorreggono un artistico baldacchino in marmo bianco.
La pala dell’altare, una preziosa opera settecentesca di G.B. Castello, si ispira all’affresco esistente nella primitiva cappella. Al centro di essa, in un apposito riquadro, delimitato da un’aurea cornice, si trova il piccolo affresco, rappresentante la venerata immagine della Madonna del Soccorso. Questo affresco quattrocentesco venne restaurato e riportato alla primitiva maniera nel 1972 dal restauratore Torsegno di Genova.
Sopra l’ affresco troneggia la tradizionale figurazione del Padre Eterno e della colomba con le ali aperte, rappresentante lo Spirito Santo.
Sul lato destro del quadro, sono raffigurati i santi: Francesco d Assisi e S. Bonaventura da Bagnoregio, mentre sul lato sinistro spiccano le figure dei santi: Antonio da Padova e Ludovico d’Angiò, vescovo di Tolosa. Sopra la pala vi è un iscrizione marmorea e rettangolare, in cui si legge: “Comunitas Petrae, Deiparae Virgini D. D. D.”. La comunità di Pietra alla Vergine, Madre di Dio, donò, dedicò e diede.
Il paliotto dell’altare in marmo policromo, a disegni geometrici e floreali, è diviso in tre ante. In quella centrale domina una croce greca, dal cui centro si dipartono vari raggi solari. Le due laterali rappresentano vari riquadri concentrici a disegni geometrici. Sopra il tabernacolo vi è un grazioso tempietto, sostenuto da sei piccole colonnine corinzie in marmo nero.
Ai lati dell’ altare si dipartono le due imponenti colonne corinzie in marmo nero, poggiate su basamenti rettangolari, avendo per sfondo due lesene in marmo bianco e rosa, che danno ad esse molto risalto.
Due capitelli di foglie di acanto, sorreggono un artistico architrave che, a sua volta, sorregge un baldacchino, sostenuto ai lati da due angeli marmorei.
Ai due lati dell’ altare si aprono due portali marmorei, opera del Solaro. Essi davano accesso al coro dei frati, ora scomparso per i lavori di ingrandimento della Chiesa. Sulle lastre di marmo policromo, sono ripresi i disegni floreali e geometrici dell’ altare, con l’ aggiunta sugli archivolti, di mazzi di fiori intrecciati a collane di frutta in rilievo.
Sul centro del portale di destra troneggia una piccola statua marmorea rappresentante S. Francesco, mentre sulla sinistra si trova quella di S. Antonio da Padova.